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东汉后期，疾疫流行，医学却得到了发展，历史上的名医张仲景和华佗都生活在东汉末年。
张仲景精研医学，撰写成《伤寒杂病论》一书，成为我国医学史上的名著之一，张仲景也因此被后人称为医圣。
从此书的内容来看，传统中医学的诊断与治疗理论已经较为完备。
这部书后来失传，晋朝人王叔和整理之后形成《伤寒论》和《金匮要略》两书。
华佗精于针灸和外科手术，史书上记载，他创造了麻沸散，将病人麻醉之后，再进行外科手术，清除疾患，然后缝合，病人很快就可以痊愈。
华佗还创编了五禽戏，模仿动物的形态与姿势来锻炼身体，将它称为古代仙人用以长寿的导引之事。
然而，医术只能短时间地治愈身体的创伤，在东汉末年的乱世之中，这并不是一个根本的解决之道。
广大民众需要能够永久脱离痛苦的方法，宗教恰恰是这么一种方法，至少在精神上能够给人们以慰藉，所以，这一时期，佛教传入，道教创立，它们都获得了较大的发展。
佛教创立于公元前6世纪—前5世纪的古代印度，随后向四方传播。
向北经过大夏、安息，越过葱岭传入到中国的西域地区。
西汉武帝时期，为与匈奴作战，汉朝开始联系西域地区的众多小国，这时候有些小国比如龟兹、于阗可能已经开始有佛教传播。
张骞出使西域以及武帝时期将匈奴势力赶出西域，加强了汉朝和西域之间的联系，佛教可能在西汉末年就通过丝绸之路传播到中国内地。
公元前2年（哀帝元寿元年），博士弟子景庐就曾通过大月氏王的使者口授而接受了佛经。
东汉明帝时期，楚王刘英虽然喜欢道家学说，但晚年也还学过“浮屠”
（即佛），还将佛陀与老子一起祭祀。
还有记载说，汉明帝曾经做梦见到佛陀，然后派人到西域求取佛经，并从西域抄回《四十二章经》这部佛经，实际上是《阿含经》的一个简要抄本，可以看作是佛经的入门书籍。
这与当时汉朝初步接触佛经的现状是相符合的。
这个传说无法证实，但联系到汉明帝的弟弟楚王刘英也曾经礼佛，可能在汉明帝的时代，佛教已经以一种变化了的、适应汉朝人民生活实际的方式在中国流传开来。
随着东汉朝廷越来越腐败，地方上土地兼并愈演愈烈，失去土地、无法生活、反抗又被镇压的民众就更加需要精神上的慰藉，佛教的流传也就越来越广。
在宦官为祸最烈的桓灵时期，安息僧人（也有说他是安息王子）安世高和月氏僧人支娄迦谶来到汉朝，并翻译了一部分佛经。
安世高所译是小乘佛经，支娄迦谶所译是大乘佛经。
此外，还有天竺僧人竺佛朗等也翻译出一些佛经，汉族士人严佛调、孟元士等还曾协助他们翻译佛经。
这些外国僧人在汉朝开始传播佛教，不论是大乘佛教还是小乘佛教，都宣扬人生皆苦，要求人们通过礼佛修成正果，超脱生死轮回达到涅槃，从而脱离人世间的种种痛苦。
这种思想对于生活在水深火热之中的普通民众而言，是非常具有吸引力的。
即便是统治者，也有通过修行超脱俗世的想法，如桓帝和灵帝就有礼佛的行为。
就在外来的佛教在中土传播的时候，中国的本土宗教——道教也在东汉后期逐渐形成，它以五斗米道和太平道2个分支并行发展，产生了很大的影响。
道教形成之前，道家学说就已经与神仙方术之说并称为黄老学说，其中蕴含了鬼神、阴阳五行等观点，这些都是道教形成的基本思想。
五斗米道的创立者是沛国丰县（今安徽省丰县）人张陵（后称张道陵），他自己创作道书，向民众传道，给百姓治病，接受者只需出五斗米就可以入道，所以称“五斗米道”
。
东汉末年，张陵的孙子张鲁据守汉中，以道教的形式来管理民众，组织较为严密，依入道先后设有“鬼卒”
、“祭酒”
、“治头大祭酒”
等不同称呼，管理的部众也层层递增。
五斗米道在路旁设置义舍，为饥饿的路人供应食物，不收取费用。
在五斗米道治下的民众如果犯了轻罪，以修路作为惩罚；犯了重罪，也要原谅3次以后才行刑。
张鲁以这样的形式治理巴蜀30余年，颇有成效，直到公元215年（汉献帝建安二十年）才被曹操兼并。
五斗米道是后来正统天师道的前身。
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