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由于陶弘景在茅山期间主要传授上清经法，并对上清经法的弘扬作了不少工作，加上他本人的名气很大，甚至在朝野中有很多信仰者，所以从他开始，茅山实际上成了上清派的中心。
再加上继陶弘景之后的茅山历代传人，大都是较有学问和名气的上清道士，所以茅山一直保持着它在上清派中的中心地位。
这样，从陶弘景开始，茅山实际上代表了上清派，于是人们便将这之后的上清派径称为茅山宗，并以陶弘景为茅山宗的创始人。
茅山派自陶弘景开创以后，历经隋、唐，直至两宋，人才辈出，在道教诸派别中一直占居重要地位。
陶弘景还编订了道教的神仙谱系，他编订的第一部道教神仙谱系称《真灵位业图》，包括天神，地只、人鬼和诸多仙真，大约三千名，以七个等级排列。
陶弘景是我国本草学发展史上早期贡献最大的人物之一。
在他生活的年代，本草着作有10余家之多，但无统一标准，特别古本草书由于失效年代久远，内容散乱，草石不分，虫兽无辨，临床运用颇为不便。
陶弘景担负起“苞综诸经，研括烦省”
的重任，将当时所有的本草着作分别整理成《神农本草经》及《名医别录》，并进而把两者合而为一，加上个人在这方面的心得体会，着成《本草经集注》，共收药物730种，并首创沿用至今的药物分类方法，以玉石、草木、虫、兽、果、菜、米食分类（原书已佚，现在敦煌发现残卷），成为我国本草学发展史上的一块里程碑。
陶弘景曾长期从事炼丹实验，梁武帝送其黄金、朱砂、曾青、雄黄等原料，让其炼丹。
他在炼丹过程中掌握了许多化学知识，例如﹕汞可与某些金属形成汞齐，汞齐可以镀物。
陶弘景对化学的贡献之一是记载了硝酸钾的火焰分析法:“先时有人得一种物，其色理与朴硝大同小异，朏朏如握雪不冰。
强烧之，紫青烟起，仍成灰，不停沸，如朴硝，云是真消石也。”
所谓“紫青烟起”
是钾盐所特有的性质。
陶弘景这一记载，是世界化学史上钾盐鉴定的最早记录。
南齐朝廷的永明十年（492），陶弘景上表辞官，挂朝服于神武门，退隐江苏句容句曲山（茅山），不与世交。
到了梁武帝萧衍即位（502）后，屡请不出，但念其旧功，“恩礼愈笃，书问不绝”
。
天监三年（504），梁武帝萧衍遣人送黄金、朱砂、曾青、雄黄等物给陶弘景，以供炼丹之用。
陶弘景后来得宝志和尚指点，知道丹砂炼药乃是制造有毒之物，于是他就重点研究本草。
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