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例如东北地区在明代分隶奴儿干都司和辽东都司。
奴儿干都司的辖地包括整个黑龙江流域、库页岛和今吉林省等地方；辽东都司则管辖今辽宁省大部分地方。
永乐七年（1409）在辽东都司治所（今辽阳市）设自在州，在三万卫、辽海卫治（开原城）设安乐州，这两个州同内地的州县很不一样，都是“无里甲，止领新附夷人”
[151]。
在辽东都司的西面是大宁都司，都司治地在今内蒙古自治区赤峰市宁城县。
洪武二十年九月，“置大宁都指挥使司及大宁中、左、右三卫，会州、木榆、新城等卫悉隶之”
[152]。
二十六年宁王朱权就藩大宁。
大宁都司除了下属汉族军士及家属组成的卫所外，还管辖兀良哈三卫（泰宁、朵颜、福余）。
靖难之役时，燕王朱棣借用宁王的护卫军和大宁都司军队，后来把大宁都司迁至保定一带，宁王也改封南昌，大宁都司原先管辖地盘交兀良哈三卫接管。
这本来只是明帝国内部建制的变化，可是在一些明朝汉族官绅的笔下却被称为“弃大宁”
，这显然是非常错误的。
英宗在位期间，女真族兀者卫、肥河卫、呕罕河卫及野人女直卫分与蒙古族兀良哈三卫互相攻劫，朝廷在正统十年（1445）十月、十一月分别敕谕双方约束部众，在给福余卫都指挥使同知安出等的敕谕中说：“尔兀良哈与女直皆朝廷开设卫分，乃彼此交构报复，论法俱不可容……”
[153]这充分说明在永乐以后，原大宁都司辖地仍是明帝国的卫分。
大宁都司以西是万全都司，主要管辖现在的河北省张家口地区。
大概很少有人想到连居庸关内的一部分地方在明代也并不属北直隶的顺天府，而归万全都司下面的隆庆卫（穆宗年号隆庆，改卫名为延庆）管辖。
这块关内的卫地直到清朝乾隆二十四年（1759）才并入昌平。
[154]现在的山西北部和相邻的内蒙古部分地区在明代基本上属于设置在大同的山西行都司管辖。
虽然在大同也设置了属于山西布政司的大同府，两者的治所（即衙门）同在一城，管辖的地盘却有明确的界划。
比如说，山西行都司下属的玉林卫明初设于今内蒙古和林格尔，云川卫设于今呼和浩特市西南。
英宗年间两卫迁入杀虎口内，玉林卫与大同右卫相邻、云川卫则靠近大同左卫地方[155]，这就是现在山西省右玉、左云两县的由来。
大同东面的天镇县是明代的天城卫和镇虏卫合并而成的，阳高县则由明代的阳和卫和高山卫合并而成。
[156]太原西面的平鲁县本是明代的平虏卫，清代建立的宁武府（府治今宁武县）则是由明代的宁武千户所演变而来。
明初相当省一级机构管辖地区最为辽阔的是陕西行都司。
洪武七年，明朝廷决定在河州卫设立西安行都指挥使司，任命原河州卫指挥使宁正为都指挥使。
次年，改名为陕西行都司。
其管辖地区包括今甘肃省的大部分地方（另一小部分属陕西都司）、新疆（包括一部分在清代为沙俄侵占的领土）、青海、西藏以及四川西部少数地方。
据《明实录》记载，宁正任河州卫指挥使时已经“招徕撒里畏兀儿（即维吾尔）安定王卜烟帖木耳等，暨土番朵甘灌顶国师、乌思藏诸部奉朝贡”
，升任行都指挥使以后朝廷授权他“提调朵甘、乌思藏都卫。
正又招降元右丞朵儿只失结等，奏置西宁等卫”
[158]。
后来，陕西行都司改设于甘州，它所节制的乌思藏卫都指挥使司和朵甘卫行都指挥使司逐渐改归朝廷直接管理。
新疆等处地方事务，一般仍通过陕西行都司转报朝廷。
明代对嘉峪关以西广袤疆域的治理带有明显的民族自治色彩，一般不派遣汉族军队（沙州即今敦煌曾派驻汉族军队设立沙州卫）和任命汉族官员，而由朝廷依据当地少数民族首领地位的高低授予军事系统的世袭官职。
这里，要特别指出明帝国版图内少数民族居住区和同明帝国保持朝贡关系的周边国家的一个重大区别：两者在朝贡等方面有相似之处，但明帝国疆域内少数民族聚居区的官员一般由朝廷授予武职，纳入帝国官职序列；周边国家的国王有的虽需明朝皇帝认可加封，其大小官员却由本国国王依据自己的传统任用。
以西域为例，洪熙元年七月（是时宣宗已即位）哈密忠义王兔力帖木儿遣都指挥使脱脱不花来朝贡马；同月，吐鲁番城都督佥事尹吉儿察来朝贡马。
[159]又如景泰七年（1456）三月撒马儿罕地面来朝贡马驼方物的使者马黑麻舍力班的官职是指挥，随从人员有“镇抚、舍人”
等。
这年五月，指挥马黑麻舍力班等还到北京阜成门外祭扫祖坟。
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