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三十三年（1768）擢刑部郎中。
其史学、文才颇受乾隆皇帝赏识。
《四库全书》开馆后，与纪晓岚同被荐为总纂。
孙士毅（1720—1796），字智冶，号补山，浙江仁和（今杭州）人，乾隆二十六年（1761）进士，与陆锡熊是同年，因召试授内阁中书，后官至云南、广东巡抚，广西总督，参与缅甸、安南、廓尔喀之役，官至文渊阁大学士。
晚年权四川总督。
拒白莲教军，在军中病死，卒谥文靖。
孙士毅进入四库馆较晚，乾隆四十五年（1780），他在云南巡抚任上，和珅到昆明查处云贵总督李侍尧贪污案，因此受牵累，被和珅劾奏身为云南巡抚，亲见李侍尧受贿而置若罔闻，掩盖贪风。
拟发配伊犁。
抄其家时，发现孙士毅为官清廉，于是乾隆皇帝将其从轻发落，命到四库馆做总纂官。
他在馆时间不长，只有不到两年时间，又外放广东巡抚，离开四库馆。
纪晓岚实际上是总纂官中的“首席”
。
李文藻有《上纪晓岚先生》二首，谓“四库全书管领新，扬雄刘向是前身”
。
杨芳灿也说：“开四库之崇闳，括千秋之著作。
先生钦承睿命，倍竭精思。
寝抱缣缃，行提铅椠。
陈农奉使，竹素咸收；公玉呈图，琳琅备列。
燃藜达旦，削牍穷年。
钩元提要，实总其成[2]。”
总纂官下属之纂修官，分管书籍之编纂、辑佚，并查勘“违碍”
书籍等事，其名目大体分四种：一是校勘《永乐大典》纂修官，二是校办各省送到遗书纂修官，三是黄签考证纂修官，四是天文算学类书籍纂修官。
编纂校刊者，多为当时著名文人。
从总裁、副总裁、总纂、总阅到以下各门类纂修官，共三百六十人，其中旗人不到六分之一。
正总裁名单中旗人最多，有八人，占一半。
副总裁有一人，总阅二人，提调六人，缮书处分校一人，其余则多任督催、收掌、监造等职。
四库馆中的中坚力量，是汉族学者。
另外，四库馆还有誊录员工（书吏）一千余人，这在世界编辑史上，也算得上前无古人的奇观了。
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