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7月9日，美军以伤亡1.65万的代价攻陷塞班岛，歼敌约3万。
尼米兹和麦克阿瑟之间曾就此后作战方向发生争执。
前者主张先获得棉兰老岛空军基地，孤立吕宋，进攻台湾和中国沿海，继而打击日本本土；后者则主张迅速攻占菲律宾并获得参谋长联席会议的支持。
尼米兹派哈尔西率第3舰队参加解放菲律宾的作战。
1944年12月，尼米兹晋升为海军五星上将。
到1945年初，太平洋日军伤亡和被困人数约为75万，共损失19艘航空母舰、12艘战列舰、34艘巡洋舰和125艘潜艇。
战后，尼米兹因为在对日作战中的胜利而受到美国民众热烈的欢迎，深知宣传之效的新任海军部长詹姆斯·佛莱斯特也将尼米兹塑造成海军的国家英雄，包括在1945年10月5日定为“尼米兹日”
，在旧金山接受荣誉市钥和在国会进行演说等等。
尼米兹之后要求接替金恩担任美国海军作战部长，佛莱斯特则予以反对，不单是认为尼米兹与金恩一样顽固，也认为前者的能力应用于战区指挥。
尼米兹仍非常想要该职位，在其运用宣传手腕下，佛莱斯特最终妥协，只要同意任期为两年（一般为四年）、人事他要同意、必须同意海军部组织概念，尼米兹接受了这些条件。
1945年11月20日，杜鲁门宣布尼米兹接替金恩，成为海军作战部长，斯普鲁恩斯则接替其太平洋舰队司令职务。
二次大战一结束，尼米兹就面临了美军中海军因为核武时代的来临而要面临的削减，深知海军重要性的罗斯福已逝世，换上了主张核子武器实用性的杜鲁门，他曾暗示了海军地位将会下降的未来，如称赞马歇尔“成功地使海军愿意与陆军合作”
。
尼米兹则到处巡回演说，争取海军之地位以及其不可取代的性质。
如杜立德就曾说过：“航母能移动，也会沉，当我们拥有航程极长的飞机时，就不再需要航母。”
杜立德也要求成立独立的空军，地位将要与海军与空军相等，尼米兹表示反对，他认为这和独立的潜艇部队一样没有道理。
另外，尼米兹还要面对此时军部内要求将海军与陆军并入同一部门的声浪，他反对这种将限制海军发展、令其降低国家防御的角色。
在尼米兹担任作战部长期间，前纳粹德国海军总司令卡尔·邓尼茨接受了纽伦堡大审，起诉其发动无限制潜艇战的罪名，尼米兹应其律师之要求，提供一份美军亦在对日战争中使用同样做法的证词，到最后虽然判定邓尼茨该罪名成立，但并未针对该罪名而受罚。
尼米兹也于短短的任期中测试核武器对海军的打击力，主持了十字路口行动，另外还支援了核动力潜艇的开发。
1947年12月15日，尼米兹卸除了海军作战部长职务。
虽然美国国会所授予的五星上将军衔可使他永不退休，但尼米兹决定离开海军（虽然有挂名“海军特别助理”
，但几乎不会有人来请教帮忙），他后来在1948——1956年期间担任了加利福尼亚大学的校董，在1949年3月21日被任命为联合国的克什米尔事务委员会公民投票监察长，协助调停印巴之争，但由于
印度和巴基斯坦关系恶化，并未能进行。
另外，尼米兹也协助日本维护东乡元帅的遗产：“三笠”
号战列舰，并在后来撰文提醒日本人对马海峡之战对他们海军历史的重要性，尼米兹将该文稿费所得的56美元（相当于2万日元）捐出，鼓励日本人重修“三笠”
号，还获得了其海上自卫队的感谢。
在1961年5月27日的日本海军节，“三笠”
号重新修整完成，尼米兹以荣誉贵宾身份受邀，但他并未出席，反而寄信写道：“最诚挚的祝福，给所有那些爱国的日本人，他们将协助恢复这艘著名的军舰。
一位极大的仰慕者与信徒，切斯特·尼米兹";尼米兹也将其撰写的《海权》一书的所得10万日元，捐赠给了东乡神社的重建工程，这本书后来在日本发行时，改名为《尼米兹的太平洋海战史》，成为畅销书。
1963年10月，尼米兹诊断出脊髓关节炎病状，虽然手术成功，但尼米兹后又罹患了肺炎，到了12月，又再有轻微的中风与心脏衰竭。
1966年1月，他离开了位在奥克兰的美国海军医院（橡树山庄），回到他的海军宿舍。
1966年2月20日，尼米兹逝世，享年80岁，政府为其国葬，并照他生前意愿，葬于加利福尼亚州布鲁诺的金山国家公墓，与斯普鲁恩斯、屠纳及洛克伍德同葬一处。
纪念尼米兹
1945年11月，尼米兹出任美国海军作战部长，继续强调海军的重要性。
1947年11月任期届满卸任。
与波特合著有《海上力量：海军史》和《太平洋的胜利：海军的抗日战争》。
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